南京市鼓楼区科学技术协会（简称区科协）从1991年5月28日开始筹建，是年8月，召开区第一次科技工作者代表大会，正式成立区科协。区科协的最高权力机构为区科协代表大会，大会每5年召开一次。协会的执行机构是由科协代表大会选举产生的科协委员会及其常务委员会。区科协设主席1人，副主席若干人，秘书长1人，负责处理协会的日常工作。

【第一次代表大会】1991年8月30—31日在傅厚岗30号省政协礼堂召开。大会听取区委副书记方超驯作《南京市鼓楼区科学技术协会筹备工作报告》，通过《鼓楼区科学技术协会章程》和《群策群力大力推进地区科技事业发展》倡议书，选举产生由87人组成的区科协第一届委员会。区科协一届一次会议，选举产生由39人组成的区科协常务委员会，选举    为区科协主席，     为副主席，吴树林为秘书长。

【第二次代表大会】1996年12月6日在南京虹桥饭店召开。大会听取常务副主席张素珍作《区科协第一届委员会工作报告》和秘书长吴树林作《区科协章程修改说明》，审议通过《关于通过区科协么一届委员会工作报告的决议》和《鼓楼区科学技术协会章程》，选举产生由51人组成的区科协第二届委员会。二届一次会议选举产生由17人组成的区科协常务委员会，选举刘兆富为区科协主席，张素珍、张保林、张瀛洲、裴立本为副主席，吴树林为秘书长。

【第三次代表大会】2004年4月24日在区机关礼堂召开。大会听取常务副主席许小萍作《区科协第二届委员会工作报告》和宋振宇作《区科协章程修改说明》，审议通过《关于通过区科协么一届委员会工作报告的决议》和《鼓楼区科学技术协会章程》，选举产生由51人组成的区科协第三届委员会。三届一次会议选举产生由19人组成的区科协常务委员会，选举杨晓阳为区科协主席，许小萍、宋振宇、谭仁祥、苗毅、倪嘉骊、章素华为副主席，张雪男为秘书长